チャプターマーカーを確認しました。
「タイムラインの一番最後に不要なチャプターマーカーがある、マーカーとマーカーの間隔が非常に近い」
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こちらは問題ないようです。
ちなみに、Premiere Pro CC 2015からはどのような方法で書き出ししてますでしょうか？ （Premiere Pro CC 02015 とEncoreCS6との間ではDynamic link機能が使用できませんので、書き出しを行っているはずです）
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Premiere Pro CC 2015
>ファイル＞書き出し＞メディア 設定後、「書き出し」をclickして・・(1) 「title_.m2v」 をエンコード
Encore CS6
読み込み >タイムライン として読み込み>ビルド.>内部ソフトウエアエラー
という手順です。
エンコードの手順が間違っているのかと思い、前記（1）の時、
「書き出し」ではなくて「キュー」をクリックすると
Media Encoder CCが自動的に起動して・・(2) 「title_.m2v」 をエンコード
Encore CS6
読み込み >タイムライン として読み込み>ビルド.>内部ソフトウエアエラー
と（1）(2) 同じ結果（同じエラーメッセージ）でした。
また、「Mac OS10.5.5」とありますが、間違いでしょうか？
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OSX Yosemite バージョン10.10.5 です。
そもそも、手順が間違っているのでしょうか。
以前、ディスク作成した（できていた）時と同じ手順だったと記憶しているのですが・・・